济宁市房屋质量鉴定中心是负责鉴定房屋质量是否符合相关标准的机构，它是保障民众利益的重要组成部分。然而，在日常工作中，房屋质量鉴定中心仍会发现一些房屋存在质量问题。那么，济宁房屋质量鉴定中心应如何处理这些问题呢？

一、及时通知房屋所有者

发现房屋存在质量问题后，鉴定中心应该及时通知房屋所有者，告知问题的性质和危害程度，并指明针对问题需要采取的措施。同时，鉴定中心也应向相关部门汇报问题情况，以便协助解决问题。

二、整改措施要具体可行

为了解决房屋质量问题，鉴定中心提出的整改措施必须具体可行。这包括：指明整改需要的时间和经费、具体内容以及实施责任等。这样，才能确保问题得到妥善解决，避免再次出现同样的问题。

三、协调调解

在一些问题无法确定责任时，房屋所有者和开发商之间可能会发生纠纷。若鉴定中心只是发现问题而没有及时协调调解，将导致问题的延误，进而增加了解决问题的难度。因此，鉴定中心在发现问题后，应积极协调各方并推动解决方案。

四、不断完善自身能力

房屋质量鉴定中心是保障民众权益的重要组成部分。因此，加强自身的能力和素质是非常必要的。不断学习行业新知识、了解新技术和新标准，提高鉴定水平和能力，是必须要做的事情。

综上所述，济宁市房屋质量鉴定中心在处理发现的问题时，应该及时通知房屋所有者，提出具体可行的整改措施，积极协调调解，不断完善自身能力。只有这样，才能真正为房屋质量的保障工作卓有成效。